Bộ phận Tổ chức BVTY trước mắt gồm Ban Giám đốc BVTY và các Bộ phận chính của bệnh viện được trình bày theo sơ đồ tổ chức  dưới đây:

Chi tiết : Cơ cấu tổ chức BVTY theo sơ đồ tổ chức.

1. Ban Giám đốc: 01 Giám đốc và 02 Phó giám đốc.
2. Các Phòng chuyên môn và hỗ trợ hoạt động của BVTY
   1. Phòng khám chung
   2. Phòng cấp cứu, hồi sức
   3. Phòng  Xét nghiệm nhanh ( Dựa vào phòng Thí nghiệm ISO)
   4. Phòng Chẩn đoán hình ảnh
   5. Phòng Phẫu thuật
   6. Phòng Điều trị nội trú
   7. Phòng chẩn đoán và điều trị bệnh thủy sản
   8. Phòng tư vấn và điều trị ngoại trú
   9. Phòng Vacxin
   10. Phòng Dược và Các sản phẩm phục vụ thú cưng
   11. Bộ phận chăm sóc và nuôi dưỡng ĐVTN; Bệnh súc và Trông giữ chó, mèo theo yêu cầu.
   12. Bộ phận kế toán, thủ quỹ
   13. Bộ phận hành chính, kế hoạch, nhân sự, lễ tân
   14. Bộ phận thiết bị, vật tư
   15. Bộ phận Vệ sinh môi trường, cảnh quan
   16. Bộ phận bảo vệ